Уцелевшая
После загадочного заклинания, изгнавшего род пони с лица земли, Флаттершай осталась одна, вынужденная бороться с тем, что судьба приготовила ей и остаткам Эквестрии. Всего несколько дней понадобилось цветущей стране чтоб начать превращаться в суровый и безжалостный мир. Среди приходящих в запустение городов Флаттершай встречают лишь новые опасности и душераздирающие воспоминания. Не имея никого, на кого можно было бы положиться, ей приходится учиться самой защищать себя, самой пытаться разобраться в произошедшем и приложить все усилия к тому, чтоб вернуть ту Эквестрию, которую она знала и любила. (История ответвляется от сюжета MLP:FiM в середине третьего сезона)
Время сменяется временем. Часть 1: Пересечение параллелей
Спустя 15 лет после Коронации императрицы Твайлайт. Эквестрия стала Эквестрийской Империей, принцесса Твайлайт — императрицей, по всему государству вспыхивают бунты и восстания, криминальный мир процветает, Сталлионградцы принимают решение воспользоваться ослаблением Империи, все медленно, но верно идет если не к мировой, то к гражданской войне точно. А вдалеке от имперских земель набирает силу еще одна неизвестная пока никому угроза. На фоне всеобщего хаоса вершатся судьбы разбросанных по всей Империи пони и грифонов, чья роль в глобальных событиях с первого взгляда непримечательна, но вскоре все меняется в самую неожиданную сторону.
Падение Эквестрии
Война пришла в Эквестрию. Страна пони подвергается жестокой атаке иноземных захватчиков. Кто они, что привело их в Эквестрию, какие у них цели? Война не обходит стороной и шестерых лучших подруг из Понивилля.
Весенняя лихорадка
Весна. Для кого-то это пора рассвета жизни, благоухания, беззаботности, но не для Большого Макинтоша
Эквестрия всеобщего равенства
В Эквестрии царит гармония. Земные пони трудятся на полях, пегасы управляют погодой и служат отечеству, Кантерлот живёт в роскоши, а принцесса Селестия вновь благодарит шестёрку друзей за спасение страны. Принцесса Дружбы на днях даже получила собственный замок. Вдруг внезапно появившаяся карта отправляет подруг на миссию в одну необычную деревню. Тогда они даже не подозревали, что красные флаги по всей деревне расставлены не просто так, и что они прибыли к началу Социалистической революции.
Нашествие "Кровавых Копыт"
Над Эквестрией нависла новая угроза. Некие пони, называющие себя "Кровавые Копыта" жаждут уничтожить Гармонию и воцарить Хаос и Раздор в Эквестрии. Сможет ли Главная Шестёрка противостоять новому порождению Тьмы? И какова цена этой победы?